Un progetto di: HEAL ITALIA, Università di Bologna, Università di Verona e University of Oklahoma
La ricerca utilizza studi computazionali per investigare le dinamiche delle proteine, i complessi proteina-proteina e ligando-proteina con diversi livelli di accuratezza in base agli input osservati. L’obiettivo principale è ottenere descrittori molecolari (sistema per caratterizzare una molecola che permette di comparare molecole diverse e cercare molecole affini in una banca dati) che possono essere sfruttati per procedure di machine learning e per la creazione di un database aperto.
Obiettivi e benefici
Individuare descrittori in grado di imitare la funzionalità di composti farmacologici e clusterizzare caratteristiche strutturali e dinamiche simili delle proteine coinvolte nelle malattie.
Tecnologie abilitanti
Vengono utilizzate risorse HPC per eseguire simulazioni estese di dinamica molecolare delle proteine per ottenere un campionamento accurato delle configurazioni esplorate dai sistemi. Dalle traiettorie possono essere estratte strutture rappresentative, reti di interazione e caratteristiche dinamiche. Le strutture rappresentative possono essere utilizzate in esperimenti di docking su insiemi per la definizione dei descrittori molecolari appropriati.